Program Studi Magister berakreditasi A (nilai 4,7/Sangat Baik) dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi berdasarkan SK. No. 018/BAN-PT/Ak-VI/S2/XII/2008 tanggal 19 Desember 2008. Status akreditasi Program Magister ini berlaku sampai dengan 19 Desember 2013. (SK Akreditasi Magister Pengkajian Islam 2008-2013).
14 Maret 2014 Program Magister memperoleh perpanjangan akreditasi berdasarkan keputusan BAN-PT Nomor 079/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2014 dengan peringkat A, berlaku sampai dengan 13 Maret 2019. (SK Akreditasi Magister Pengkajian Islam 2014-2019).
4 September 2019 Program Magister Pengkajian Islam memperoleh perpanjangan akreditasi berdasarkan keputusan BAN-PT Nomor 3394/SK/BAN-PT/Akred/M/IX/2019 dengan peringkat A, berlaku sampai dengan 4 September 2024. (SK Akreditasi Magister Pengkajian Islam 2019-2024)
Program Studi Doktor memperoleh akreditasi A (nilai 4,7/Sangat Baik) dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) No. 002/BAN-PT/Ak-IX/S3/VI/2010 tanggal 11 Juni 2010. Status akreditasi Program Doktor ini berlaku sampai dengan 11 Juni 2015. (SK Akreditasi Doktor Pengkajian Islam 2010-2015). (SK Akreditasi Doktor Pengkajian Islam 2010-2015)
2 Mei 2015 Program Doktor memperoleh perpanjangan akreditasi sesuai SK BAN PT Nomor 330/SK/BAN-PT/Akred/D/V/2015, dengan peringkat A dan berlaku sampai dengan 2 Mei 2020. (SK Akreditasi Doktor Pengkajian Islam 2015-2020)
28 Juli 2020 Program Doktor Pengkajian Islam memperoleh perpanjangan akreditasi sesuai SK BAN PT Nomor 4327/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/D/VII/2020, dengan peringkat A dan berlaku sampai dengan 3 Mei 2025. (SK Akreditasi Doktor Pengkajian Islam 2020-2025).