تشمل مهمة كلية الدراسات العليا ما يلي:

1. تعزيز التميز الأكاديمي لتخريج خريجين على مستوى عالٍ من الجودة لتحسين القدرة التنافسية للدولة.
2. تعزيز التميز البحثي لتحقيق الاعتراف العالمي.
3. تحسين إدارة كليات الدراسات العليا بهيكل وثقافة الجودة والمساءلة من خلال نظام معلومات متكامل.
4. تعزيز التعاون الوطني والدولي لتحقيق الاعتراف العالمي.

تخريج الماجستير ودكاترة في الدراسات الإسلامية يتمتعون بفهم عميق وبصيرة إسلامية شاملة، ولديهم خبرة في تطوير المعرفة الدينية الإسلامية بما يتناسب مع مجالات دراستهم، ووعي علمي عالٍ، وانفتاح وتجاوب مع التغيير الاجتماعي، وشخصية نبيلة.